Fuzárium je velmi rozšířená půdní houbová choroba, která se v půdě běžně vyskytuje. Významnější ztráty způsobuje především v teplých vlhkých letech. Více se vyskytuje v těžších půdách. Na kořenech česneku se objevuje nafialovělé zbarvení, při silnějším napadení kořeny odumírají, rostliny bývají zakrnělé. Později může hniloba přecházet i do cibule, kde se pozná podle bílého až narůžovatělého vatovitého mycelia mezi stroužky. Napadá nejen česnek, ale také cibuli kuchyňskou, cibuli šalotku, pažitku či pór. Preventivní ochranou u česneku je použití zdravé sadby a její výsadba v době, kdy již teplota půdy trvale poklesne pod 9 °C.