Původcem sklerociové hniloby je houba Sclerotium cepivorum. Je to nejnebezpečnější choroba cibulových zelenin, proti které dosud neexistuje účinná chemická ochrana.
Drátovci jsou světle hnědé až nažloutlé tuhé larvy kovaříků (Elateridae), které se v půdě vyvíjejí několik let.
Fuzárium je velmi rozšířená půdní houbová choroba, která se v půdě běžně vyskytuje. Významnější ztráty způsobuje především v teplých vlhkých letech. Více se vyskytuje v těžších půdách.
Háďátko zhoubné je nejnebezpečnějším škůdcem česneku. Typickými příznaky napadení háďátkem je praskání podpučí, odumírání kořenů, zakrslost a žloutnutí rostlin.
Moucha houbomilka česneková klade vajíčka ke vzcházejícímu česneku v předjaří. Larva může být až 1 cm dlouhá, škodí vykusováním pletiv uvnitř rostliny.
Chřestovníček cibulový též v některých oblastech patří mezi významné škůdce. Jeho larvy škodí požíráním listů. Vajíčka chřestovníčka jsou oranžově zbarvené, larvy vypadají nevzhledně, jsou hnědě zbarvené a obalené vlastním trusem.
Plži škodí i na česneku. Okusují nejen listy, ale i cibule v zemi. Nejčastěji škodí plzák španělský. Při vysokém výskytu plžů je nutné použití jedů, např. Vanish nebo Ferramol.
Napadení česneku houbovými chorobami z rodu Penicillium není možné zaměnit s jinými chorobami díky modrým nebo nazelenalým povlakům mycelií. Nejedná se však o parazitickou houbu, vyskytují se na odumřelých pletivech.
Na česneku škodí i housenky můry molíka česnekového. Housenky se poznají podle světle zeleného zbarvení s černými tečkami a žluté hlavy. Během vegetace žijí uvnitř listů, kde vytvářejí chodbičky.
Jedná se o houbovou chorobu, jejímiž typickými příznaky jsou žluté až rezavé, později tmavě hnědé kupky na listech. Výskyt rzivosti česneku je dán konkrétním rokem. Zvýšený výskyt této choroby se objevuje v letech s teplým vlhkým počasím.
Sazovitost česneku (lidově označovaná jako „čerň“) bývá obvykle pouze estetickou vadou. Na svrchních suknicích cibulí se objevuje černý sazovitý povlak konidií houby Embllisia allii.
Na cibulích se objevují velké ploché černé sklerocie. Choroba se vyskytuje především ve vlhčích málo propustných půdách a v málo vzdušných či zaplevelených porostech. Prevencí je čistý bezplevelný porost a zdravá sadba.
Česnek kuchyňský napadá celý komplex virů. Nejsledovanějším virem je žlutá zakrslost cibule – Onion yellow dwarf virus (OYDV), který společně s Leek yellow stripe virus (LYSV) patří do rodu Potyvirus.
Jedná se o roztoče, který není pouhým okem viditelný. Jeho velikost je 0,1 – 0,3 mm, snadno se tedy šíří vzduchem. Největší škody dělá na uskladněném česneku, kde způsobuje tzv. vyšeptávání stroužků.
Významný škůdce póru, moucha vrtalka pórová, může napadat i česnek, ovšem obvykle nedělá ekonomicky významné škody. Výjimkou byl rok 2014, kdy v některých oblastech byla míra napadení rostlin tak vysoká, že pěstitelé zaznamenali určité ztráty.